"君臣佐使"的提法最早见于《内经》，在《素问•至真要大论》中有:"主病之谓君，佐君之谓臣，应臣之谓使"的记载。历代医家对其含义各有解释。

如元代李东垣说:"主病之为君，兼见何病，则以佐使药分治之，此制方之要也。"明代何柏斋说:"大抵药之治病，各有所主。主治者，君也。辅治者，臣也。与君药相反而相助者，佐也。引经及治病之药至病所者，使也。"可见"君臣佐使"的含义是经过不断补充而逐渐完善的。

君药是方剂中针对主证起主要治疗作用的药物，是必不可少的，其药味较少，药量根据药力相对较其他药大。

臣药协助君药，以增强治疗作用。

佐药是协助君药治疗兼证或次要症状，或抑制君、臣药的毒性和峻烈性，或为其反佐。

使药引方中诸药直达病证所在，或调和方中诸药作用。

例如:《伤寒论》的麻黄汤，由麻黄、桂枝、杏仁、甘草四味药组成，主治恶寒发热，头疼身痛，无汗而喘，舌苔薄白，脉浮紧等，属风寒表实证。方中麻黄辛温解表，宣肺平喘，针对主证为君药;桂枝辛温解表，通达营卫，助麻黄峻发其汗为臣药;杏仁肃肺降气，助麻黄以平喘为佐药;甘草调和麻黄、桂枝峻烈发汗之性为使药。由于"君臣佐使"为封建政体名称，现多改称"主辅佐使"或"主辅佐引"。